専用のケースに立てて収納。（ブランドは一切、混ぜません）
専用ケースのないマーカーの場合は、お菓子のパッケージを利用して立てています
マーカーは鉛筆と違い、使っても短くならないので立てても使い勝手は○です
バラで買ったものはヘアピンのケースか、
開いたペン先のケースにまとめて入れています
使いかけのものは一度使ったと分かるように、
使っているペン軸か余っているペン軸（大量）にさしっぱなしにしています
ペントレーというか、実際はお菓子の缶の蓋ですが…。
ヨックモックのシガールの大きい缶の蓋（18cm×24cmぐらい）で、
リラあたりの長いペン軸だとほぼぴったりなので、
長いペン軸にペン先をさしっぱなしにして入れることはできません。
長い方に揃えると、幅は狭くなりますがペン先のついたペン軸も余裕で入ります。
ホワイト
（使い切ったり、古くなったら捨てる）ので、
「普通に置いてあるだけ」という感じです。
パッと見、どれがどの太さか区別がつかないので
0.05mmはピグマ・0.7mmはピグメントライナーなど、全部ブランドを変えてます
（どの太さもピグマだらけだったとき、
0.5と思って取って書いてみたら太い!?よく見たら0.8だ！という感じで
何回か間違えたので）
その時のなごりで、今でもまだ太さ表記がこっちを向くように置いています。
定規ってなんとなく管理しづらくて困ってたんです。
が、ある日気付いたんです。持て余していたプリントゴッコのはがき立ての存在に。
引き出しの中にこのはがき立てを設置して、一つおきに定規を置いてます。
取り出しやすいし散らばりません。…が
こんなに定規持ってる方は多分あまりいない（しかも私でも半分位しか使ってない）ので
あんまり参考にならないかもしれません。ごめんなさい。
自在曲線定規と三角定規、45cm以上の定規だけは別に置いています。
削ったものは１、２本なら普通に広げて並べます
デッサン用など数がある時は、使い切っ（てもうこれは次は買わないなと思っ）た
色鉛筆の空いた箱を再利用して濃さ順に並べています。
もちろん、バラ買いをしたからこのやり方になっているだけなので、
全部の濃さが揃ってケースに入っているセットを買って整理する手も
ありだと思います。
トーン
私は中学生の時に通販で買った、縦21段のタワー型のB4引き出し
（もうこのあたりがおかしいというか、画材マニアとしての覚醒が早すぎます）
に全部入れています。
分類法ですが、私は「アミ点」はブランド別／さらに番号順
（アイシーS-61、S62、、…アイシーユースY-1061、1062、…のような感じ）
柄物などは「キラキラ（効果）」とか「服」とかのイメージごとに分けています。
こういう、イメージの分け方の人が多分多いのでは。
でも人によって「このトーンはキラキラじゃなくて装飾だよ！！」とかの
分類の個人差はかなりありそうな予感です。
今使っていない古いものは、予備として物置にしまってあります。
パステル鉛筆
パステル
ペン立てにという方もいらっしゃいますが、私は
ペン立ては向きが揃わない（なんとなく広がった形になるというか）のが気になる
＆鉛筆系は削ると短くなるため、取り出しにくくなってくるのが苦手なんです。
それと、赤系なら赤系といった色ごとに分ける方もいらっしゃると思うのですが
私はブランド別に揃ったままにしているタイプです。
色が頭に入っている場合は「カステルのウルトラマリン！」
みたいな探し方の方が早いと自分では思っているのですが…
これは個人差が大きいと思います。あくまで私の場合、ということで。
ちなみにバラで試し買いしたものは、鉛筆と同じく
空いた色鉛筆のケースに並べていたりします。
おかげで古くて汚い色鉛筆の箱（最古は小学生時代の）もちっとも捨てられません…
このほとんど元のままのケースと、色々混在しているケースを
普通には置かないで、立てて棚に入れてます。
（みっちり隙間無く並んでいるのと、
所々にある、ダーウェントなどの木箱タイプが安定していて倒れてこないので
缶ケースを一緒に立てても大丈夫なんです、開いて鉛筆が落ちてきたりしないです）
見た目はちょっと本棚のような雰囲気に見えます。
アクリルガッシュ
他にバラ買いしたものは手提げタイプのプラスチックケースに軽く並べてます。
ただこういう入れ方だと、やっぱり若干探しにくいんですよね。
数が多いとかなりかさばって、重なって見えにくくなってしまうんです…
もう、ここまで来ると画材をしまうスペースが足りなくて。その時に
「筆洗はどうせ水を入れないと使えない＝使うときは絶対洗面台まで来る」
と気付いたので、洗面台の下の引き出しに入っています。